"Homunculus" kể về câu chuyện của Susumu Nakoshi, một người đàn ông vô gia cư sống giữa hai thế giới – sự nghèo khó và giới thượng lưu. Sau khi đồng ý tham gia vào một cuộc thí nghiệm nguy hiểm liên quan đến việc khoan sọ, Nakoshi bắt đầu nhìn thấy những hình ảnh kỳ lạ ẩn sâu trong tâm trí con người mà trước đây anh không thể nhận ra.